Okulumuz 1987 yılında Esentepe Mahallesinde Milli Eğitim Bakanlığı tarafından 16 derslikli ilköğretim okulu olarak inşa edilmiştir. Okul binası aynı yıl geçici olarak Kocatepe Anadolu Lisesine tahsis edilmiştir. Kocatepe Anadolu Lisesi 1990 yılına kadar okul binasında eğitim öğretimi sürdürmüştür.

 01.10.1990 tarihinde zamanın Afyon Valisi Ali SAKALLI beyin teklifleri ve Milli Eğitim Bakanlığının olurları ile 1990–1991 öğretim yılında bünyesinde ortaokul bulunan "Fatih Lisesi" olarak eğitim ve öğretime başlamıştır.

 Okulumuz 1991–1992 öğretim yılında Çok Programlı Liseye dönüştürülmüş olup, bu statüde 3 yıl süreyle eğitim-öğretimi sürdürmüştür.

 1995–1996 eğitim-öğretim yılında ise bünyesinde ortaokul kısmı kaldırılarak Yabancı Dil Ağırlıklı Liseye dönüştürülmüştür. 2008 yılına kadar Yabancı Dil Ağırlıklı Lise olarak eğitim öğretime devam eden okulumuz 2005–2006 eğitim-öğretim yılından itibaren Yabancı Dil Ağırlıklı Lise kaldırılmasına rağmen okulumuz Yabancı Dil Ağırlıklı Lise durumunu 2007-2008 eğitim-öğretim dönemine kadar devam etmiştir. Bu tarihten itibaren de genel lise olarak eğitim-öğretime devam etmektedir. Milli Eğitim Bakanlığımız tarafından okulumuz 2010 yılından itibaren kademeli olarak genel liseden  Anadolu lisesine dönüştürülmüştür. 

Ana binamız 4 katlı olup, içerisinde 22 derslik,1 Kütüphane,1 Müdür odası, 2 Müdür Yardımcısı odası, 1 Rehberlik odası,1 Memur odası, 1 öğretmenler odası,1 arşiv, 1 Yardımcı Hizmetler odası, 1 kantin ve 1 adet çok amaçlı salon ile ana bina dışında 10 dairelik 1 lojman ve Kapalı Spor Salonu bulunmaktadır.Fatih Anadolu Lisesi Binası Depreme karşı risklerden dolayı tahliye edilerek 2023-2024 eğitim öğretim yılında Mimar Sinan Mesleki ve Teknik Anadolu Lisesi ne taşınmış olup, 2024-2025 eğitim öğretim yılında İmam Hatip Anadolu Lisesinden boşalan geçici binasına taşınmıştır.